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本分署業務範圍包括嘉義縣、嘉義市、臺南市、高雄市、屏東縣、臺東縣、澎湖縣、金門縣等縣市，依據業務之需要設置建築工程科、道路工程科、工務職安科及12個工務所等單位。詳如組織架構系統表:

人員編制表:

1. 配合評估南部地區都市計畫區內道路等建設計畫，地方政府申請補助經費評估。
2. 負責業務範圍內工程規劃設計、採購、發包、履約等採購業務。
3. 辦理轄區內重要道路、生活圈道路交通系統等規劃設計施工、社會住宅工程及中央各機關委託代辦工程。
4. 辦理嘉義縣、嘉義市、臺南市、高雄市、屏東縣、臺東縣、澎湖縣、金門縣等縣市之建設計畫，計有「生活圈道路交通系統建設計畫」、「提升道路品質計畫」、「校園周邊暨行車安全道路改善計畫」、「永續提升人行安全計畫」、「均衡城鄉村里道路改善計畫」、社會住宅工程及代辦工程等計畫執行。
5. 落實各項公共工程施工、督導、品質控制、進度掌控等管理制度。確實執行工程契約、開竣工、工期、變更設計、估驗計價、施工管理、查驗、驗收、決算、保固等業務。
6. 政府採購電子投標系統實施及相關作業資料建檔上傳業務執行，以利政府採購公開化及透明化。
7. 補助地方工程之業務督導及施工抽查，以落實預算執行、進度管理及施工品質。

1. 協助國家住宅及都市更新中心、地方政府及各機關學校，促進地區公共建設及均衡地方區域發展，提供工程、施工管理等技術支援及服務 。
2. 辦理國家住宅及都市更新中心社會住宅工程專案管理業務，建構優質建築，提升社會住宅品質，提供宜居舒適的好宅，建立跨世代宜居社區與環境，減輕租屋及身障家庭壓力。
3. 加強設計、施工間之協調，隨時解決困難，促使公共工程順利進行，以有效掌握工程進度，提昇預算執行績效，持續推動「永續提升人行安全計畫」，系統性及計畫性的推動區域內道路、人行環境及重要據點的相互串聯，為國內創造出道路通暢、均衡城鄉的友善環境 。
4. 加強工地管理，維護工地安全及環境品質，並落實現地查證工作，以確保公共工程施工品質。