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本署目前設有國土計畫、都市計畫、建築管理、住宅發展、都市更新建設、都市基礎工程、下水道建設、下水道永續營運、營建管理組等9個業務組，及建築工程大隊1個派出單位，並設秘書室、人事室、政風室、主計室、資訊室等5個輔助單位；另以任務編組成立研考室及公關室。此外，並承辦內政部區域計畫委員會、都市計畫委員會、營建建設基金管理會、建築師懲戒覆審委員會、建築技術審議委員會、淡海新市鎮特定區計畫都市設計審查小組、高雄新市鎮特定區計畫都市設計審查小組、國土計畫審議會、住宅審議會及內政部都市更新公開評選申訴審議會等10個任務編組委員會之行政業務。