願景與展望
本分署配合國土管理署核心業務之推動，結合下水道法、水利法、都市計畫法及建築技術規則等法規規劃下水道系統，因地制宜辦理設計作業、優化施工品質、落實職安衛管理，建構優質公共工程，提升居住品質，以達各計畫目標。 

水工分署願景
1. 協助全國污水下水道系統及再生水建設推動，達成水環境改善及水資源永續發展之目標。
2. 協助健全全國都市計畫區雨水下水道系統規劃及建設，並透過都市總合治水有效因應氣候變遷，打造適災宜居「韌性城市」。
3. 全面提升下水道工程技術，落實營建四化，兼顧節能減碳、資源循環利用、環境保育及生態永續發展。
4. 積極協助各縣市辦理相關工程建設，有效均衡提升全國下水道建設績效並落實營運管理相關工作。
5. 積極推動下水道工程落實職安風險管理，達成工程離災目標。

水工分署沿革
　　早期下水道係配合都市計畫及道路開發而施設，故在中央一直未設有專責單位，直至民國66年間接連颱風造成重大災損，為研擬推動下水道建設之法令，民國70年成立營建署並置公共工程組草擬下水道法，此為中央下水道主管機關之發軔。
　　「下水道法」於民國73年由總統發布實施。
　　民國47年，臺灣省政府為籌建臺灣第一個分流式下水道系統，乃成立「衛生工程組」隸屬於「臺灣省政府建設廳公共工程局」下，係為前身。
　　民國68年，臺灣省住宅及都市發展局成立，環境工程組（原衛生工程組）擴大為環境工程處，並改制為規劃、雨水、污水及營管等四課，於北、中、南區分設測量設計規劃隊，分區辦理臺灣地區下水道建設。
　　民國86年，為配合臺灣省政府精簡機關名稱，臺灣省住宅及都市發展局更名為住宅及都市發展處，環境工程處更名為環境工程組統籌全省雨、污水下水道建設、計畫研定、預算編列、執行管控及各項作業規定訂定等事項；其下設有北、中、南測設隊負責推動及實際辦理各轄區雨、污水下水道工程測量、規劃、設計等業務，住宅及都市發展處另設有北、中、南區工程處協助辦理下水道工程施工監造。
　　民國88年，配合臺灣省功能業務與組織調整，原臺灣省政府住宅及都市發展處移入內政部，改名為內政部臺北第二辦公室，業務則與內政部營建署合併。
　　民國94年，配合內政部營建署各區工程處下各污水下水道測量規劃設計隊回歸環境工程組體系，並納編臺北近郊衛生下水道工程組以任務編組方式成立下水道工程處，下設5個課，另設北、中、南各區分處。 
　　民國95年，為統籌下水道建設相關業務及依促進民間參與公共建設法辦理促進民間參與下水道建設案件等任務需要，修正內政部營建署下水道工程處（任務編組）組織架構，並因應業務需要設北、中、南各區分處，各分處因業務需要設置分隊及工務所，採分區駐地方式經辦轄區內之都市計畫地區及指定地區雨、污水下水道工程系統規劃、設計、建設、營運管理之執行及督導推動辦理等事項。
　　本分署為完成機關組織法制化作業並配合行政院組織改造，將下水道工程處下北、中、南各區分處整併改制成立「內政部國土管理署下水道工程分署」，組織規程、辦事細則及編制表業奉行政院核定，並自112年9月20日施行。